奧林巴斯顯微鏡類型較多，如生物顯微鏡、金相顯微鏡等，雖部分操作細節有差異，但核心流程一致。下面以常用的生物顯微鏡（如 CKX53 型號）為例，詳細介紹其操作方法：
前期準備
安放與組裝：將顯微鏡放在平穩的實驗臺上，鏡座距臺面邊沿約 2 - 3 厘米。把物鏡安裝到物鏡轉盤上，目鏡裝入觀察筒，確保各部件固定牢固無晃動；再用標配電源適配器連接穩壓插座，避免電壓波動影響設備。
光源調節：打開主機電源，通過側面旋鈕調節 LED 亮度。觀察染色標本可調亮光線，觀察未染色的活細胞則適當調暗；同時上升聚光器至與載物臺表面平齊，根據光線情況調整光圈，提升視野清晰度。
樣本放置
依據樣本類型選擇適配容器，比如 35mm 培養皿、96 孔多孔板等，將容器放在載物臺的適配托盤上。若為玻片標本，用壓片夾固定，且務必讓樣本的目標觀察區域正對通光孔中心，防止觀察時找不到目標。
借助載物臺 X - Y 方向控制旋鈕，把樣本的目標區域移至物鏡正下方，若有輕微偏差可輕推樣品微調。
調焦與觀察
低倍鏡初調：先轉動轉盤將 10X 等低倍物鏡對準通光孔，轉動粗調旋鈕讓物鏡靠近樣本底部，接著左眼注視目鏡，反向轉動粗調旋鈕使鏡筒緩慢上升，直至看到模糊物像，再用細調旋鈕微調，讓物像清晰。若物像偏離視野，可移動玻片調整，注意玻片移動方向與視野內物像移動方向相反。
高倍鏡精調：在低倍鏡下找到清晰目標并移至視野中央，轉動轉盤切換到高倍物鏡。切換時需從側面觀察，避免鏡頭碰撞樣本。切換后若物像模糊，僅用細調旋鈕調節焦距，同時可微調光圈和光源亮度，優化觀察效果。
特殊模式切換：若需觀察透明活細胞，可切換相差模式；觀察熒光標記樣本時，開啟熒光光源并換上對應濾光片，通過觀察模式切換器完成模式轉換。
圖像采集（可選）
若需采集圖像，將適配的數碼相機通過三目觀察筒的 C - Mount 接口連接，調整光路切換裝置，把光路導入攝影通道。
啟動 Olympus cellSens 等配套軟件，可進行實時成像、拍照、調整圖像對比度等操作，完成后保存原始圖像文件以便后續分析。
使用后整理
先關閉電源，取下樣本容器，用干凈軟布擦拭載物臺，清除殘留雜質。
用擦鏡紙輕擦目鏡和物鏡，若使用了 100X 油鏡，需先用擦鏡紙擦去油漬，再用蘸少量二甲苯的擦鏡紙擦拭，最后用干凈擦鏡紙擦凈殘留二甲苯。
轉動轉換器，將物鏡轉到兩側呈 “八" 字形，下降鏡筒，蓋上防塵罩，妥善收納顯微鏡。
